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En septiembre de 1963, el equipo disputó dos partidos amistosos contra Costa Rica, perdiendo el primero y ganando el segundo. En 1963, Colombia volvió a participar en el Campeonato Sudamericano, en el que había participado por última vez en la edición de 1957. Con la presentación de una formación reestructurada (solo la línea ofensiva era sustancialmente la misma) Colombia perdió el primer partido contra Argentina (2-4). La competencia terminó con cinco derrotas y un empate obtenido ante Perú el 24 de marzo (1-1), terminando en el último lugar en la clasificación. En 1951, una representación nacional integrada netamente por los jugadores y cuerpo técnico de la Selección del Valle del Cauca obtendría para Colombia su segundo título oficial y el primero en el marco de los III Juegos Bolivarianos en Caracas. En 1957, después del largo período de ausencia, el equipo nacional de mayores de Colombia encabezado por el nuevo entrenador Pedro Ricardo López reanudó su participación en el Campeonato Sudamericano 1957, donde viajaron a Lima para jugar en el torneo.
Después de la participación en la Copa Mundial, Colombia fue suspendido de nuevo por unos nueve meses. Su mejor posición la ha conseguido durante los meses de julio y agosto de 2013, ubicándose en la tercera posición del escalafón. Colombia regresaría en agosto de 1938, en la primera edición de los Juegos Bolivarianos, que se celebró en Bogotá y en el que su nómina estuvo compuesta por los jugadores del Deportivo Municipal de Bogotá, equipo que posteriormente se convertiría en Millonarios. En 1949 se produjo un cisma dentro del fútbol colombiano que vio la División Mayor del Fútbol Colombiano (Dimayor) separarse de la propia Federación Colombiana de Fútbol, por lo tanto, la FIFA decidió suspender a Colombia de las actividades internacionales. En 1962, previo a la primera participación de Colombia en una Copa Mundial de Fútbol, la Adefútbol designó como técnico de Colombia a Adolfo Pedernera, mientras la Dimayor designaba a Rodolfo Kralj, entonces director técnico de Santa Fe. En 1926, en el Estadio Moderno Julio Torres de Barranquilla, se realiza el primer encuentro internacional de Colombia. El papel del club en la temporada 1988-89 fue sobresaliente, terminando la Liga en sexto lugar y alcanzando la final de Copa, que se disputó el 30 de junio de 1989 ante el Real Madrid en el Estadio Vicente Calderón.
El partido de vuelta en el estadio Olímpico de Múnich estaba lleno, y Paul Breitner jugaría con la camiseta del Real Madrid. El partido entonces terminó veinte minutos antes de la hora. Otras tres victorias consecutivas llegaron a comienzos de 1998: la épica remontada en el Camp Nou el 19 de enero de 1998 en los últimos veinte minutos con un 3-0 en contra. Una de las primeras decisiones del presidente fue un nuevo cambio de técnico, así que José Manuel Rielo se hizo cargo provisionalmente del equipo durante dos jornadas en las que se consiguieron dos victorias, y finalmente se convenció al holandés Guus Hiddink para su regreso a finales de marzo, retomando así el equipo a nueve jornadas del final. Días después de la eliminación, Colombia enfrentó un drama: su defensa Andrés Escobar, quien marcó un autogol en el partido ante Estados Unidos, fue asesinado pasados unos días desde su regreso al país en Medellín.
Los compañeros continuaron las protestas, y todos abandonaron el terreno; con Colombia fuera de la cancha, los costarricenses cobraron el penal, anotando. Dirigido por el teniente Alfonso Novoa, Colombia salió a la cancha a las 9:45 a. Para finalizar la competencia fue una victoria por (4-1) sobre Ecuador, gracias al cual Colombia evitó los dos últimos lugares de la clasificación, terminando quinto de 7 selecciones. Los encuentros entre ambas selecciones son muy disputados y poseen una reputación de ser feroces dentro y fuera del campo de juego. En varias ocasiones se encontró dentro de las 10 mejores selecciones del escalafón de la FIFA. El título del 2001 le permitió participar en la Copa FIFA Confederaciones 2003 donde alcanzaría las semifinales y posteriormente el cuarto lugar. La victoria contra Venezuela fue la única en el torneo, donde Colombia terminó en el cuarto lugar entre 5 equipos. Tras obtener dos puntos, los colombianos cerraron en el último lugar del grupo. Fue fundado en 1986 y milita en la Tercera Federación grupo XIII.